据调查，大亚湾、
大鹏湾已受到不同程度的油类、重金属和有机氯农药的污染，有的污染物含量已超过国家二类海水水质最高容许浓度。其中海水主要受油类和有机氯农药的污染；海底受重金属污染；海洋底栖生物受铅、六六六、DDT的污染。根据《2004年深圳海洋环境质量公报》，深圳中度污染海域面积有所增加，无机氮、无机磷、石油类和铅是主要污染物质，西部深圳湾与珠江口海区海水污染程度比东部大鹏湾和大亚湾海区严重。
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