深圳药材资源丰富，种类繁多，有150多个品种，山冈、低洼地和海洋都有分布。主要特色药材有：良羌，分布于
观澜、
布吉、
南头的山冈，专治心骨冷痛、霍乱等症；鸡骨草，产于南头、沙井的小山，可治肝炎、跌打损伤等；益母草，广泛生长于农田的低洼地，是妇科良药；相思子，以
坪山、
大鹏较多产，能治头痛；甘菊，生长遍及各地，有清肝明目功效；鸦胆子，分布很广，能治痢疾；荆子，产于各山地，能治流感和止痛；海龙、海马，可治肾脏疾病，治恶疮、消肿毒；石决明（鲍鱼壳），能治眼科赤膜、青盲等症，生长于
南澳、
蛇口等浅海礁底。此外，还有金钱龟、蚝珠、海珍珠、玉海草、铁丁草、马尾茵等，药用价值较高。
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