1979年建市、1980年建经济特区时，总体处于优良水平。20世纪80年代中期，各水库水质保持良好，主要河流水质受到不同程度污染，西部海域水质受到一定程度的污染。进入20世纪90年代，水环境质量呈明显下降趋势，主要水库总磷、总氮超标，主要河流水质劣于国家地表水Ⅴ类标准，西部海域水质劣于国家海水第四类标准。2006年以来，各水库、西部海域水质有所改善，河流水环境污染依然严重。2004年，主要水库水质达到国家地表水Ⅲ类标准；主要河流水质劣于国家地表水Ⅴ类标准；东部海水水质符合国家海水第Ⅱ类标准，西部海域水质劣于第Ⅳ类标准。
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